Le programme du musée de l’Europe se développe comme un feuilleton historique en plusieurs épisodes. Ses expositions portent auprès du grand public une large conception de l’Europe résultant d’héritages et de voisinages.
Toutes les expositions ont associé les collections historiques et artistiques européennes avec une dizaine d’institutions (musées archives, bibliothèques) qui ont prêté leurs œuvres.